على الرغم من تلك المزايا والآثار الايجابية للاندماج المصرفي التي تم ذكرها إلا انه لايخلو من بعض الآثار السلبية ومن أهمها
1. قد تترتب عن عملية الاندماج أوضاع احتكارية وشبه احتكارية في المؤسسات المصرفية والمالية.
2. قد تترتب عن عملية الاندماج أختلالات في السوق المصرفي واختفاء دوافع تنظيم العمل الأدارى و تطويره ، ممايؤثر سلباً على سير العمل المصرفي بصفة خاصة والنشاط الاستثماري بصفة عامة.
3. أن وجود اقتصاديات الحجم والسعة والنطاق فى المصارف نتيجة للاندماج المصرفي ليس لها ألا أدلة وشواهد ضعيفة تؤكذ ذلك.
4. نظراً لعدم وجود نظرية عامة للاندماج المصرفي ، لهذا كان من الصعب معرفة نتيجة الاندماج المصرفي مسبقاً ، وكذلك لاتوجد أدلة وبراهين تؤكد على أن المصارف الكبيرة أكثر فعالية من المصارف الصغيرة.
5.قد تترتب عن عملية الأندماج زيادة حجم المؤسسة المصرفية والتى ينتج عنها ظهور البيروقراطية وطول خطوط المسئولية واتخاذ القرار ، مما يؤدى الى ارتفاع تكلفة الخدمة المصرفية ومن ثم الانخفاض فى الاداء .
6.قد تترتب عن عملية الاندماج تركز في الصناعات المصرفية التى ينتج عنها قلة الاختيارات المتاحة أمام العميل ، ويؤدى ذلك إلى أرتفاع أسعار الخدمات المصرفية المقدمة من هذه المصارف.
7. زيادة المخاطر الناتجة عن عملية الاندماج التى ينتج عنها إخفاء المعلومات والبيانات ، مما قد يؤدى إلى زيادة الأخطاء وعدم تداركها وتصحيحها في الوقت المناسب .
8. كبرحجم المصرف الجديد الناتج عن عملية الاندماج قد يؤدى إلى عدم الأهتمام بالعملاء ، وأنصرافهم إلى مصارف أخرى ومن ثم انخفاض حجم أعماله بالنسبة إلى تكاليفه مالم تعمل الأدارة على إدخال اللامركزية فى إدارة أعمال المصرف .
9. أن عملية الاندماج بين المؤسسات المصرفية قد تترتب عنها قيام السلطات النقدية ( المصرف المركزي ) بإجبار المصارف على التخلص من بعض فروعها بهدف الحفاظ على المنافسة في الأسواق الدولية ، مما يؤدى إلى فقدان هذه المصارف المندمجة لأصول قد تكون مرتفعة الجودة وذات أداء عالية الكفاءة والمنافسة في هذه الأسواق
10. قد تترتب عن عملية الاندماج المصرفي صعوبة مزج الثقافات وأساليب العمل بين المصارف المندمجة .
11. قد تترتب عن عملية الاندماج فقدان عدد من الموظفين وظائفهم أو تغيير درجاتهم الوظيفية ، وهذا الأمر ينعكس سلباً على أداء العمل والإدارة والإنتاجية فى المصرف الجديد .
12. نظراً لكبرحجم المصارف المندمجة فإنها تسعى لزيادة ربحيتهاعن طريق زيادة حجم استثماراتها ، وذلك من خلال أختيارها محفظة استثمارات ذات مخاطر عالية بهدف الحصول على ربحية أعلى ، وهذا يؤدى إلى زيادة المخاطر واحتمال حدوث أزمات مالية لهذه المصارف
